عادة ما يثير موضوع الرقابة الخارجية على القضاء خلافات جدية تدور ما بين رافض لهذه الرقابة بحجة انها تمس بمبدأ استقلال القضاء وعدم جواز التدخل في شؤونه، وما بين مؤيد لهذه الرقابة بحجة انها تعزز من جدية الرقابة والمساءلة على القضاء دون المساس باستقلاله خصوصا اذا ما كانت هذه الرقابة مقتصرة على الرقابة المالية والادارية ولا تشمل العمل القضائي.

حسم قانون ديوان الرقابة المالية والادارية رقم (15) لسنة 2004 وتعديلاته صلاحية الديوان بالرقابة المالية والادارية على السلطة القضائية، حيث نصت مقدمة المادة 23 من هذا القانون على انه:

"يهدف الديوان إلى ضمان سلامة العمل والإستقرار المالي والإداري في السلطة الوطنية بسلطاتها الثلاث التنفيذية والتشريعية والقضائية وكشف أوجه الإنحراف المالي والإداري كافة بما فيها حالات إستغلال الوظيفة العامة والتأكد من أن الأداء العام يتفق مع أحكام القوانين والأنظمة واللوائح والقرارات والتعليمات النافذة وفي حدودها وأنه يمارس بأفضل طريقة وبأقل تكلفة ممكنة وله في سبيل تحقيق ذلك القيام بما يلي وفقا لأحكام القانون".

كما اكدت الفقرة د من المادة 31 من القانون وبصريح النص على ان: "السلطة القضائية والنيابة العامة، وأعضاؤها وموظفوها" هم من الجهات الخاضعة لرقابة ديوان الرقابة المالية والادارية.

ان ما يثار اليوم من خلاف حول مدى خضوع السلطة القضائية لرقابة ديوان الرقابة المالية والادارية يتطلب نقاشا عاما ومحاولة الاجابة عن القضايا التالية:

1. اهمية وجود رقابة خارجية على الجوانب المالية والادارية في السلطة القضائية. وخصوصا في ظل مبدأ الفصل المتوازن بين السلطات والذي يؤكد على وجود علاقات ورقابة متبادلة ما بين سلطات الدولة الثلاث. تضمن عدم التفرد المطلق لاي سلطة واخضاعها للمساءلة والمحاسبة.
2. مفهوم الرقابة الادارية والمالية على السلطة القضائية ومحدداتها ونطاقها ومدى وجود تقاطعات وتداخلات بين مفهوم الرقابة المالية والادارية من جانب ومفهوم الرقابة على الاعمال القضائية المرتبطة بالشأن القضائي من جانب آخر والتي لا يصح لغير القضاء الرقابة عليها.
3. مدى وجود تعارض دستوري ما بين مفهوم استقلال القضاء المنصوص عليه في القانون الاساسي الفلسطيني وما بين مفهوم الرقابة المالية والادارية على السلطة القضائية المنصوص عليه في قانون ديوان الرقابة المالية والادارية.
4. الموازنة ما بين مفهوم الاستقلال المالي والاداري والذي يجب ان يفسر بالحدود والقدر اللازم لممارسة اي مؤسسة لمهامها التي تتطلب هذا الاستقلال المالي والاداري، وما بين مفهوم الرقابة والمساءلة والتأكيد على انه لا يتعارض مع مفهوم الاستقلال المالي والاداري وان كل منهما يكمل الاخر ويضمن انسجامه مع تحقيق المصلحة العامة.
5. المعايير والممارسات الدولية الفضلى فيما يتعلق بالرقابة المالية والادارية الخارجية على السلطة القضائية ونطاق هذه الرقابة وضمانات عدم مساسها باستقلال القضاء.
6. السبب من لجوء الديوان الى الحصول على مرسوم رئاسي لممارسة صلاحيته الرقابية تجاه الفضاء على الرغم من ان النص القانوني يمنحه هذه الصلاحية.